أكد التقرير السنوي للمنظمة المصرية لحقوق الإنسان ''أن الانتهاكات الخاصة بحقوق الإنسان في مصر ما زالت تتم بصورة مستمرة وبشكل جسيم وصارخ، ولم يطرأ عليها تحسن
خلال عام 2009 مقارنة بتقارير السنوات السابقة''.
قالت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان في تقريرها السنوي العشرين، أن الانتهاكات لا تقتصر على الحقوق المدنية والسياسية، بل تعاني منظومة الحقوق الاقتصادية هي الأخرى من انتهاكات صارخة.
وجاء في التقرير الذي عنونته ''حالة حقوق الإنسان في مصر -التقرير السنوي لعام ''2009 أنها تلقت العام الماضي 3812 شكوى، بينها 1532 شكوى تتعلق بانتهاك حقوق الأفراد المدنية والسياسية، وتركزت الانتهاكات بالأساس على جرائم التعذيب بوصفها المصدر الرئيسي لانتهاك الحق في الحياة والحق في سلامة الجسد''.
وأشارت المنظمة وهي أكبر المنظمات التي تعني بمراقبة حقوق الإنسان في مصر في تقريريها أنها رصدت 12 حالة وفاة بالتعذيب عام ,2009 مقابل 113 حالة في السنوات التسع الماضية. وجاء في التقرير أيضا أن الحق في الحرية والأمان الشخصي ''يتم انتهاكه على نطاق واسع بل بشكل منهجي في أقسام الشرطة والسجون''.
وأضافت المنظمة أنها رصدت في عام 2009 ''حوالي 118 حالة تعذيب واضطهاد واحتجاز تعسفي'' بزيادة 46 حالة على عام .2008 ليصل إجمالي حالات التعذيب في تقارير المنظمة المصرية منذ عام 2000 وحتى 304 ,2009 حالة تعذيب. بالإضافة إلى ذلك، فقد جاء في التقرير أيضا ''أنها لم ترصد خلال عام 2009 أي تحسن ملحوظ بشأن أوضاع السجناء، وغيرهم من المحتجزين في السجون المصرية وأوضاعهم في تدهور مستمر''. وتشير المنظمة في تقريرها أن معظم الانتهاكات في السجون تتمثل في سوء الرعاية الصحية. وفي ذات السياق انتقد التقرير استمرار تقديم مدنيين إلى محاكم عسكرية.
وبخصوص الحريات العامة قال التقرير ''ما زالت البنية التشريعية تعج بالعديد من المواد القانونية المقيدة للحياة السياسية والحزبية.'' بحيث لم تمنح لجنة شؤون الأحزاب التي يهيمن عليها الحزب الوطني الديمقراطي الحاكم السنة الماضية أي ترخيص لحزب جديد بالنشاط. كما انتقد التقرير ذاته أيضا استمرار انتهاكات حقوق مدوني الانترنت. وقال أن عام 2009 شهد ''العديد من الانتهاكات التي وقعت في حق المدونين في حرية استخدام شبكة المعلومات الدولية، والتي تنوعت ما بين الاعتقال وسوء المعاملة والاضطهاد، والتتبع الدائم لهم، ناهيك عن تعرضهم للمحاكمات القضائية''.
وتحدّث التقرير عما قال أنه استمرار للتمييز ضد المرأة وتراجع دورها في الحياة السياسية عام .2009 إضافة إلى ذلك فقد أردف التقرير أن مئات الانتهاكات وقعت لحقوق العمل والتعليم والسكن والتمتع بالصحة والعيش في بيئة نظيفة والحصول على مياه نظيفـة، في وقـت تقـول تقـارير أخرى أن نحو 40 في المائة من المصريين يعيشون تحت خط الفقر.